El proceso se abrió por proposiciones contra fray Juan Manuel Díaz en 1744. El proceso se abrió porque el reo fue acusado de haberse pasado a la secta de los herejes, diciendo y haciendo hechos escandalosos y heréticos, pactando con el demonio y dando mala doctrina a sus confesadas. Las cartas aportadas al proceso son una copia de las remitidas por las hermanas Francisca y Josefa de Arias, beatas espirituadas con las que parece que el reo pasaba mucho tiempo. En la primera de las copias se anota que los originales de estas cartas se encuentran adjuntadas a la testificación contra Josefa de Arias, pero no se han podido localizar. Las cartas le fueron remitidas a Juan Manuel Díaz en los momentos en los que se encontraba ausente a causa de su prelado. Algunas de las cartas copiadas las aporta él mismo pues las tenía guardadas en su cofre de la ropa. Él contestó a todas las cartas según lo tocante en ellas. En el proceso se explica que las cartas que las beatas le remitieron iban sin fecha y sin firma porque ellas no tenían práctica a la hora de escribir.