Este processo diz respeito a Vicente Borges, acusado de exercício ilegal das funções eclesiásticas. O réu era natural de Lisboa e dizia ter professado na Ordem dos Frades Menores da Penitência no convento de São Pedro de Coimbra. As cartas inclusas no processo foram enviadas à Mesa da Inquisição pelo provincial de Santarém, o padre frei Marcos da Trindade. Sendo tido como mau cristão, mentiroso e ladrão, constam do processo várias acusações relativamente ao comportamento do réu: 1) que tinha fugido a cavalo levando três mil réis roubados e que já tinha roubado uma navalha e uma tesoura antes; 2) que já tinha sido castigado pelo provincial de Santarém por ter aberto uma carta do mesmo, escrita pelo irmão e de assunto reservado; 3) que se tratava com seculares sem permissão e que tinha escrito uma carta ao pai de um outro noviço a pedir dinheiro e comida; 4) que também tinha escrito uma carta falsa, em nome de Bernardo Drago, a uma mulher chamada Maria Leitoa, tentando levá-la a dar-lhe coisas; 5) que entrava na despensa sem permissão no tempo do frei José; 6) que tinha declarado ter morto voluntariamente um mancebo com um tiro antes de ser frade; 7) que era sodomita e tinha cometido o pecado nefando com outros noviços; 8) que com grande escândalo frequentava a casa de uma prostituta; 9) e que dava missa sem ter ordem sacra para tal, entre outras coisas.

No dia 25 de abril de 1601, Estêvão Rodrigues, morador em Sacavém, foi ao convento de Nossa Senhora de Jesus queixar-se de que frei Vicente de Lisboa lhe tinha roubado um macho pequeno preto com alguns pelos brancos. Segundo ele, o frei teria tomado o animal das mãos de um moço seu que andava a passear com o bicho. A 4 de maio o padre provincial, Marcos da Trindade, descobriu que o macho de que fala o escrito (PSCR0252) foi alugado a um António Antunes e tinha cor de rato e idade e quatro anos. O dito animal terá sido alugado em Sintra dias antes do dia de Ramos.

O réu foi preso, por mandado do licenciado João Peixoto de Sousa, em sua casa, diante do padre Álvaro de Brito, guardião do mosteiro de São Francisco. Na manga do seu braço direito foi encontrado um taleijo pequeno de estopa em que tinha cinco moedas de quatro vinténs e uma de oito, vinte e oito moedas em cobre, que o réu confessou ter roubado ao guardião do mosteiro nas duas noites em que lá esteve. Também foram encontradas as cartas abertas que o vigário depois entregou à Mesa. O réu foi excomungado pelos frades a 3.ª ordem para Angola, com sete anos de galés e ficou suspeito de heresia e apostasia.